Bank Pembiayaan Rakyat Syariah is a financial institution that distribute and collect the fund. BPRS prefers to provide financing in micro, small, and medium enterprises. The purpose of this study is analyze the effect of dominant financing in BPRS, murabaha, musharaka, and transaction costs on profitability of the BPR empirically. Financing and transaction costs tend to increase while the profitabilitas fluctuates and tends to decrease every year. This research uses quantitative method with secondary data. The data collection techniques used are literature study and documentation. Secondary data retrieved from monthly reports of Statistik Perbankan Syariah which can be accessed through the official website of Otoritas Jasa Keuangan and Bank Indonesia. The method in this research is multiple linear regression with ordinary least squares (OLS) by transforming one of the variable into first difference. The empirical results shows that Murabahah financing, Musharakah financing, Transaction Costs significantly effect on profitability (ROA) Bank Pembiayaan Rakyat Syariah.Bank Pembiayaan Rakyat Syariah adalah lembaga keuangan dengan fungsi menyalurkan dan penghimpunan dana. BPRS lebih mengutamakan pembiayaan bagi UMKM. Penelitian ini bertujuan untuk menganalis pengaruh pembiayaan yang mendominasi pada BPRS yaitu Murabahah dan Musyarakah, serta Biaya transaksi yang dikeluarkan terhadap Profitabilitas BPRS. Pembiayaan murabahah, musyarakah, dan biaya transaksi cendrung mengalami peningkatan sedangkan profitabilitas pada BPRS mengalami fluktuatif dan cenderung menurun setiap tahunnya. Penelitian adalah penelitian kuantitatif yang mempergunakan data sekunder. Metode pengumpulan data pada penelitian adalah studi kepustakaan dan dokumentasi. Data penelitian diambil dari laporan bulanan statistik perbankan syariah yang diakses melalui situs resmi Otoritas Jasa Keuangan dan Bank Indonesia. Metode yang digunakan dalam penelitian yaitu metode Regresi Linier Berganda dengan pendekatan ordinary least square (OLS) serta melakukan transaformasi salah satu variabel kedalam bentuk pembeda pertama (first difference). Hasil estimasi menunjukkan bahwa pembiayaan Murabahah, Musyarakah, dan Biaya Transaksi memiliki pengaruh signifikan terhadap profitabiltas (ROA) Bank Pembiayaan Bank Rakyat Syariah.