Recently Published
Deteksi Molekuler Burkholderia Glumae, Penyebab Penyakit Hawar Malai Padi Image
Deteksi Molekuler Burkholderia Glumae, Penyebab Penyakit Hawar Malai Padi Image

Deteksi Molekuler Burkholderia Glumae, Penyebab Penyakit Hawar Malai Padi

Characteristics and Toxicity of Nanoemulsion Formulation of Piper Retrofractum and Tagetes Erecta Extract Mixtures Image
Characteristics and Toxicity of Nanoemulsion Formulation of Piper Retrofractum and Tagetes Erecta Extract Mixtures Image

Characteristics and Toxicity of Nanoemulsion Formulation of Piper Retrofractum and Tagetes Erecta Extract Mixtures

Evaluation of Some Specific Primer Sets Development for Detecting Fusarium Oxysporum F. SP. Cubense Tropic Race 4 (Foc TR4) Originating From Indonesia Image
Evaluation of Some Specific Primer Sets Development for Detecting Fusarium Oxysporum F. SP. Cubense Tropic Race 4 (Foc TR4) Originating From Indonesia Image

Evaluation of Some Specific Primer Sets Development for Detecting Fusarium Oxysporum F. SP. Cubense Tropic Race 4 (Foc TR4) Originating From Indonesia

Influence of Culture Medium on the Sporulation and Viability of Aspergillus Spp. and Talaromyces Spp. Entomopathogenic Fungi Image
Influence of Culture Medium on the Sporulation and Viability of Aspergillus Spp. and Talaromyces Spp. Entomopathogenic Fungi Image

Influence of Culture Medium on the Sporulation and Viability of Aspergillus Spp. and Talaromyces Spp. Entomopathogenic Fungi

Perbaikan Metode Ekstraksi DsRNA Virus secara Sederhana untuk RT\u002DPCR Tiga Virus Tumbuhan Image
Journal article

Perbaikan Metode Ekstraksi DsRNA Virus secara Sederhana untuk RT-PCR Tiga Virus Tumbuhan

Diversity of Feed Storage Pest Beetle in Banten Province Image
Journal article

Diversity of Feed Storage Pest Beetle in Banten Province

Tenuipalpus Pasificus Mite on Orchid in Malang Raya Image
Journal article

Tenuipalpus Pasificus Mite on Orchid in Malang Raya

Perbaikan Metode Ekstraksi DsRNA Virus secara Sederhana untuk RT\u002DPCR Tiga Virus Tumbuhan Image
Perbaikan Metode Ekstraksi DsRNA Virus secara Sederhana untuk RT\u002DPCR Tiga Virus Tumbuhan Image
Journal article

Perbaikan Metode Ekstraksi DsRNA Virus secara Sederhana untuk RT-PCR Tiga Virus Tumbuhan

Diversity of Feed Storage Pest Beetle in Banten Province Image
Diversity of Feed Storage Pest Beetle in Banten Province Image
Journal article

Diversity of Feed Storage Pest Beetle in Banten Province

Tenuipalpus Pasificus Mite on Orchid in Malang Raya Image
Tenuipalpus Pasificus Mite on Orchid in Malang Raya Image
Journal article

Tenuipalpus Pasificus Mite on Orchid in Malang Raya

Most Viewed
Optimasi Metode PCR untuk Deteksi Pectobacterium Carotovorum, Penyebab Penyakit Busuk Lunak Anggrek Image
Journal article

Optimasi Metode PCR untuk Deteksi Pectobacterium Carotovorum, Penyebab Penyakit Busuk Lunak Anggrek

Soft rot is one of the most important diseases of orchids caused by Pectobacterium carotovorum. The conventional methods for the detection of pathogen is tedious and time consuming. In recent years, numerous molecular diagnostic approaches for the detection of P. carotovorum have been developed, including various PCR-based assays. Optimization of PCR technique to DNA amplification is essential for time and material efficiency, which will make detection to be rapid and more appropriate. The purposes of this study were to decide concentration of DNA and primer, and also the concentration of bacterial pure cultures and primer to amplify 16S rRNA gene fragment. Optimization of PCR was done by using various concentration of DNA, pure cultures of bacteria, and primer to amplify the 16S rRNA gene sequence. The results showed that the most optimum concentration to amplify 16S rRNA gene sequence at DNA and primer concentration were 63,4 ng/µl and 10 pmol, while pure cultures and primer concentrations were at 8×109 CF U/ml and 10 pmol respectively. Penyakit busuk lunak yang disebabkan oleh Pectobacterium carotovorum merupakan salah satu penyakit penting pada tanaman anggrek. Deteksi patogen secara cepat dan akurat dapat dilakukan secara molekular menggunakan teknik Polymerase chain reaction (PCR). Optimasi metode PCR perlu dilakukan untuk mengefisienkan waktu dan penggunaan bahan sehingga proses deteksi dapat dilakukan dengan cepat dan tepat. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan konsentrasi DNA dengan primer maupun konsentrasi kultur murni bakteri dengan primer yang paling tepat untuk mendapatkan fragmen gen 16S rRNA. Optimasi PCR dilakukan menggunakan beberapa variasi pengenceran pada DNA, kultur murni bakteri, dan primer untuk mengamplifikasi gen 16S rRNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa konsentrasi yang paling optimal untuk mengamplifikasi gen 16S rRNA yaitu DNA dan primer masing-masing sebesar 63,4 ng/µl dan 10 pmol, sedangkan konsentrasi kultur murni dan primer sebesar 8×109 CFU/ml dan 10 pmol.
Identifikasi Morfologi Beberapa Spesies Jamur Fusarium Image
Journal article

Identifikasi Morfologi Beberapa Spesies Jamur Fusarium

The research was conducted to study the morphological difference based on macroscopic and microscopic appearance of several Fusarium spp. Fusarium spp. isolates were propagated onto Potato Dextrose Agar (PDA) by using single-spore method. All isolates were observed macroscopically and microscopically to determine colony appearance, colony growth diameter and formation of macroconidia, microconidia and conidiophores. The results showed that colony appearance of all isolates was similar. Therefore they could not clearly be differentiated by one to another. On the other hand, microscopic observation showed that there was different conidiophore morphology of F. oxysporum and other Fusarium spp. Microscopic morphology among F. oxysporum isolates were difficult to differentiate. Microconidia were produced in false-head which was the characteristic feature of most F. oxysporum. In conclusion, microscopic morphology observation could only be able to differentiate Fusarium spp. isolates at species level, but not to formae speciales. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbedaan morfologi berdasarkan morfologi makroskopis dan mikroskopis beberapa isolat Fusarium spp. Isolat Fusarium spp. diperbanyak pada medium Potato Dextrose Agar (PDA) dengan menggunakan teknik monospora. Semua isolat ini kemudian diamati secara makroskopis dan mikroskopis untuk mengetahui morfologi koloni, pertumbuhan koloni, bentuk makrokonidium dan mikrokonidium serta konidiofornya. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sebagian besar isolat mempunyai morfologi koloni yang hampir sama, sehingga tidak bisa dibedakan dengan jelas satu dengan lainnya. Akan tetapi, pengamatan secara mikroskopis menunjukkan adanya perbedaan morfologi konidiofor pada isolat F. oxysporum dengan Fusarium spp., sementara morfologi mikroskopis antara isolat Fusarium spp. sulit untuk dibedakan. Mikrokonidium yang dibentuk pada false-head merupakan karakter utama F. oxysporum. Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa morfologi mikroskopis hanya dapat digunakan untuk membedakan Fusarium spp pada tingkat spesies, tetapi tidak pada tingkat forma spesialis.
Ketahanan Jamur terhadap Fungisida di Indonesia Image
Journal article

Ketahanan Jamur terhadap Fungisida di Indonesia

Identifikasi Penyebab Penyakit Daun Keriting Kuning Pada Tanaman Mentimun Image
Journal article

Identifikasi Penyebab Penyakit Daun Keriting Kuning Pada Tanaman Mentimun

Biological Control of Plant Disease Caused by Bacteria Image
Journal article

Biological Control of Plant Disease Caused by Bacteria

Identifikasi Molekuler Virus Penyebab Penyakit Daun Keriting Isolat Bantul pada Melon Image
Journal article

Identifikasi Molekuler Virus Penyebab Penyakit Daun Keriting Isolat Bantul pada Melon

Ketahanan Jamur terhadap Fungisida di Indonesia Image
Ketahanan Jamur terhadap Fungisida di Indonesia Image
Journal article

Ketahanan Jamur terhadap Fungisida di Indonesia

Identifikasi Penyebab Penyakit Daun Keriting Kuning Pada Tanaman Mentimun Image
Identifikasi Penyebab Penyakit Daun Keriting Kuning Pada Tanaman Mentimun Image
Journal article

Identifikasi Penyebab Penyakit Daun Keriting Kuning Pada Tanaman Mentimun

Identifikasi Molekuler Virus Penyebab Penyakit Daun Keriting Isolat Bantul pada Melon Image
Identifikasi Molekuler Virus Penyebab Penyakit Daun Keriting Isolat Bantul pada Melon Image
Journal article

Identifikasi Molekuler Virus Penyebab Penyakit Daun Keriting Isolat Bantul pada Melon

Suggested For You
Laporan Pertama di Sulawesi Selatan: Karakter Morfologi dan Molekuler Nematoda Puru Akar yang Berasosiasi dengan Akar Padi di Kabupaten Wajo, Sulawesi Selatan Image
Journal article

Laporan Pertama di Sulawesi Selatan: Karakter Morfologi dan Molekuler Nematoda Puru Akar yang Berasosiasi dengan Akar Padi di Kabupaten Wajo, Sulawesi Selatan

Root Knot Nematode (RKN) is one of the most important cosmopolite parasitic nematode species. Reports on RKN associated with rice root in Indonesia are still limited in West Java and Yogyakarta. This study aimed to identify the RKN associated with rice root in Sub-district of Bola, District of Wajo, South Sulawesi, based on morphological and molecular characters. Sampling was carried out by purposive method based on specific criteria of sample, i.e. root knot. Identification of root knot nematode (RKN) infestation in field was done by observing the primary and secondary symptoms. Morphological identification was carried out based on characters of juvenile 2 and the female perineal pattern. Molecular identification was based on amplification of r-DNA by polymerase chain reaction technique using primers rDNA2 and rDNA 1.58s. RKN were detected associated with the incidence of root knot in rice plant. RKN was identified as Meloidogyne graminicola based on morphological characters of juvenile 2 and the female perineal pattern. PCR using primer rDNA 2 / rDNA 1.58s successfully amplified a DNA band of RKN of ± 500 bp. Nucleotide sequence analysis showed that RKN isolated from Wajo was closely related to M. graminicola isolated from Nepal, China, India, Madagascar, and USA with homology of 98.1–100.00%. IntisariNematoda puru akar (NPA) merupakan salah satu jenis nematoda parasit penting yang bersifat kosmopolit. Laporan NPA yang berasosiasi dengan akar tanaman padi di Indonesia masih terbatas di Jawa Barat dan Yogyakarta. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi NPA yang berasosiasi dengan akar tanaman padi di Kabupaten Wajo, Sulawesi Selatan berdasarkan karakter morfologi dan molekuler. Pengambilan sampel dilakukan secara purposif dengan memilih sampel berdasarkan pada kriteria gejala spesifik penyakit puru akar. Identifikasi serangan dilakukan dengan mengamati gejala primer dan gejala sekunder. Identifikasi morfologi dilakukan dengan pengamatan karakter morfologi juvenil 2 dan pola perineal NPA betina.Identifikasi molekuler dilakukan dengan teknik polymerase chain reaction (PCR) untuk mengamplifikasi wilayah internal transcribed spacer (ITS) ribosomal DNA (rDNA) menggunakan pasangan primer rDNA2 dan rDNA1.58s. NPA ditemukan berasosiasi dengan akar tanaman padi yang memperlihatkan gejala puru akar. NPA diidentifikasi sebagai Meloidogyne graminicola berdasarkan karakter morfologi juvenil 2 dan pola perineal NPA betina. PCR menggunakan primer rDNA2/ rDNA1.58s berhasil mengamplifikasi pita DNA NPA dengan ukuran sekitar 500 bp. Analisis runutan nukleotida menunjukkan isolat NPA asal Wajo-Indonesia memiliki tingkat kekerabatan yang sangat dekat dengan isolat M. graminicola asal Nepal, Cina, India, Madagaskar, dan Amerika Serikat dengan nilai homologi berkisar 98,1–100,0%.
Read more articles