Diskurus mengenai iman dan taqwa (Imtaq) dan ilmu pengetahuan dan teknologi (Iptek) selama ini masih dipandang sebagai dua sisi yang memiliki orientasi yang berlainan, sehingga menyebabkan timbulnya kesenjangan antara sumber ilmu antara ilmu-ilmu agama dan ilmu-ilmu umum. Bagi para pendukung ilmu-ilmu agama menganggap valid sumber Ilahi dalam bentuk kitab suci dan tradisi kenabian dan menolak sumber-sumber non-skriptual sebagai sumber otoritatif untuk menjelaskan kebenaran sejati. Di pihak lain, ilmuwan-ilmuwan sekuler hanya menganggap valid informasi yang diperoleh melalui pengamatan inderawi, sehingga memerlukan paradigma integralistik merupakan tata paradigma yang diharapkan mampu untuk memberikan solusi terhadap problematika permasalahan tersebut diatas.Isi artikel ini hendak menjelaskan mengenai pentingnya upaya integrasi imtaq dan iptek dalam pembelajaran pendidikan agama Islam adalah melakukan dekonstruksi terhadap filsafat sekuler yang terintegrasi pada anatomi sistem pendidikan Islam. Implikasi dari upaya ini adalah proses membangun epistemologi Islami yang bersifat integralistik yang menegasikan entitas lain dan menegaskan kesatuan ilmu dan kesatuan imtaq dan iptek dilihat dari sumbernya yaitu Allah. Oleh sebab itu pada aspek operasionalnya di bidang pendidikan, integrasi lebih dimaknai sebagai proses memadukan nilai-nilai ilmu tertentu (agama) terhadap nilai ilmu lain (umum) atau sebaliknya, sehingga menjadi suatu kesatuan yang koheren dan tidak bisa dipisahkan antara satu dengan lainnya. Artinya, proses penyatuan antara ilmu agama dan ilmu umum hingga menjadi satu kesatuan yang koheren dan bulat untuk memunculkan tata nilai keilmuan yang integralistik dengan tujuan menciptakan manusia yang sempurna.Saat ini telah mulai ada pergeseran fenomena terhadap madrasah sebagai motor pengembangan integrasi imtaq dan iptek dengan berbagai langkah inovatif, progresif, dan adaptif terhadap arus modernitas yang berkembang atau arus Perubahan yang bergulir, sehingga madrasah cenderung menjadi pilihan utama pada saat ini. Selain itu, sisi urgensitas profil pembelajaran sistem pendidikan agama Islam perlu dioperasionalkan dengan basis prinsip relevansi-koordinatif, konsistensi, dan adequasi antara tingkat potensi peserta didik dengan standar kompetensi yang perlu dicapai, materi pembelajaran dengan muatan nilai-nilai yang akan dipelajari dengan ketersediaan sumber belajar dengan pemberian penilaian yang sesuai.